EPISODE:24 The Beginning and the End, or "Knockin' on Heaven's Door"
クラスメイトたちが疎開する中、1人、第3新東京市に残されるシンジ。彼はミサトやレイ、アスカともコミュニケーションがとれず、孤独感に苛まれる。そんな中、フィフスチルドレンである渚カヲルと出会い、優しく好意を示してくれる少年に、シンジは心を開いていく。だが、NERV本部に響く警報によって明かされたカヲルの正体は、シンジにとって最大の裏切りであり、彼を苦しめることとなる。
第弐拾伍話「終わる世界」
EPISODE:25 Do you love me?
なぜカヲルを殺したのか。なぜEVAに乗るのか。シンジは疑問と責め苦に苦しめられる。しかし、葛藤を抱いていたのはシンジだけではなかった。ミサト、レイ、アスカもまた、それぞれが抱えた心の傷に苦悩していたのだ。一方、ゲンドウはついに人類補完計画を始動し、全ての魂を1つにしようとする。計画の鍵を握るシンジに、最大の選択が迫られる――。
最終話「世界の中心でアイを叫んだけもの」
EPISODE:26 Take care of yourself.
第弐拾伍話に続き、人類の補完が描写される。最終回である本話では、シンジの内面世界のみが描かれ、視聴者は彼の苦悩と選択を見守ることとなる。他人を恐れ、他人に嫌われていると思い込み、自分自身を愛せないシンジは、何を願うのだろうか。